در سال ۱۳۸۹، شورای گسترش آموزش عالیِ وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با ایجاد «دانشکده فنی و مهندسی گناباد» موافقت نمود. پس از آن، با راه‌اندازی دو رشته‌ی تحصیلیِ «مهندسی کامپیوتر» و «مهندسی برق» در سال ۱۳۹۰، فعالیت رسمی این دانشکده آغاز شد.

با تلاش‌ها و پیگیری‌های انجام‌شده، این دانشکده در همان سال به «مرکز آموزش عالی گناباد» ارتقا یافت.

با گسترش رشته‌های تحصیلی و تأمین شاخص‌ها و معیارهای لازم، این مرکز در سال ۱۳۹۲ به «مجتمع آموزش عالی گناباد» تبدیل شد. این مجموعه دانشگاهی در طول سال‌های رشد و توسعه‌ی خود، اقدام به جذب اعضای هیئت علمی، توسعه‌ی رشته‌های تحصیلی و گسترش زیرساخت‌های آموزشی و پژوهشی کرده است.

در حال حاضر، این مجتمع دارای ۸۱ عضو هیئت علمی، ۱۰۲ کارمند و ۲۰۶۵ دانشجو در قالب سه دانشکده‌ی «علوم»، «فنی و مهندسی» و «مهندسی برق و کامپیوتر»، با ۱۱ گروه آموزشی و ۲۴ رشته‌ی تحصیلی است.

در سال ۱۴۰۳، با ارائه‌ی گزارش‌های مستند و پیگیری‌های انجام‌شده، موافقت شورای گسترش آموزش عالی برای ایجاد سه رشته‌ی تحصیلی در مقطع کارشناسی ارشد اخذ شد. همچنین از همان سال، این دانشگاه موفق به دریافت مجوز تشکیل «هیئت اجرایی جذب مستقل اعضای هیئت علمی» از شورای عالی جذب گردید.

در ادامه‌ی مسیر توسعه، در سال ۱۴۰۴، مجوز جذب دانشجوی بین‌الملل از سوی سازمان امور دانشجویانِ وزارت علوم، تحقیقات و فناوری صادر شد.

از دیگر دستاوردهای مهم دانشگاه، می‌توان به اخذ مجوز فعالیت مرکز نوآوری و تجاری‌سازی معدن از معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری در سال ۱۳۹۹ و مجوز فعالیت مرکز فناوری آب و قنات از هیئت امنا در سال ۱۴۰۱ اشاره کرد. همچنین، با صدور مجوز «مرکز مشاوره و هدایت شغلی»، فعالیت این مرکز از سال ۱۴۰۳ آغاز شده است.

از سال ۱۳۹۴، با اختصاص ۵۰ هکتار زمین، عملیات اجرایی احداث پردیس دانشگاه آغاز گردید. این پردیس اکنون دارای بیش از ۲۵ هزار مترمربع فضای فیزیکی شامل فضاهای آموزشی، آزمایشگاهی، ورزشی، رفاهی، اداری و خدماتی است.

در سال ۱۴۰۲، با تأمین فضای فیزیکی و زیرساخت‌های لازم، مرکز نوآوری و تجاری‌سازی معدن، مرکز فناوری آب و قنات و دفتر هماهنگی قنوات خراسان رضوی فعالیت خود را در پردیس آغاز کردند. همچنین، مرکز حمایت از نوآوری و فناوری دانشگاه زیر نظر پارک علم و فناوری خراسان تأسیس شد که هم‌اکنون شش شرکت دانش‌بنیان در آن مشغول فعالیت هستند.